近年來,靶向測序作為一種以有限測序量實現對目標基因深度研究的方案而被普遍采用。但是,開發定制 NGS panel 的過程并不像量體裁衣那么簡單,時至今日,仍然是一項需要投入大量時間精力甚至更多費用的過程。
安捷倫作為 NGS 技術的,在捕獲探針設計方面已經具備 10 多年的實戰經驗。安捷倫 SureDesign 在線設計平臺可為用戶提供便捷的定制化過程、驗證服務以及專業的技術人員的一對一服務。
NGS Panel 之設計篇
SureDesign,是一款基于網頁的應用程序,安捷倫客戶無需額外付費即可使用。在 SureDesign 中,用戶可以選擇預定義內容或構建自己的內容,瀏覽并購買安捷倫的目錄 Panel 和自定義設計,也可以與工作組內部人員或其他研究人員進行合作。安捷倫多年的制造專業知識,可確保用戶的每個探針性能相同,增強的探針設計算法,可進行更靈敏,更具體的寡核苷酸設計。
NGS Panel 之合成篇
對于設計好的序列,安捷倫使用Agilent SurePrint 長鏈寡核苷酸合成平臺生產。在傳統的合成中,長鏈寡核苷酸的產量在 250 個核苷酸左右會出現嚴重下降。相比之下,使用 SurePrint 平臺生產的寡核苷酸即使長度接近 300 個核苷酸,也同樣具有高保真度,可幫助用戶獲得具有業內高質量的靶向捕獲探針文庫。SurePrint 技術專為寡核苷酸探針文庫的打印而開發,可實現先進而一致的核酸合成。每個設計都能定制,這意味著用戶可以從頭到尾設計自己的 Panel。
NGS Panel 之驗證篇
已經合成好的探針需要反復的驗證和調整才可用于大規模的樣本檢測。這個過程需要極富經驗的技術人員和大量的資金與時間投入,安捷倫 NGS 驗證服務可以幫助客戶攻克這一難關。安捷倫的設計專家將會根據客戶的特殊需求幫助客戶一起設計出定制化的 Panel,之后專家們會使用 HapMap 參考樣本在實驗室對設計出的 Panel 進行驗證和調整,直到滿足客戶的需求。用戶終收到的是經過驗證的 Panel,可以即刻開啟實驗項目。同時,安捷倫會做好保密工作,無需擔心設計外漏。把前期棘手的預實驗部分交給安捷倫經驗豐富的驗證團隊,可在 6 周以內就可以完成這一過程,幫助用戶更快速更便捷地進行項目啟動。
安捷倫推出的設計驗證服務大大縮短了用戶在“設計 - 合成 - 運輸 - 測試 - 修改設計 - 重新下訂單 - 重新合成 - 運輸 - 測試”的時間。安捷倫的專業團隊不僅幫助用戶完成設計,同時對其用參考樣本進行了實驗室驗證,確保 Panel 的性能滿足用戶要求,并且在驗證完成后提供了 16 個反應的探針試劑供用戶直接使用。