Rubicon PicoPLEX 低深度測序法檢測單細胞CNV

參考文獻：

低深度測序在檢測單細胞染色體微小變異中的應用探索

陳大洋1 甄賀富2 劉萍2 邱詠2 謝林2 劉弘泰1 陳芳2

（1. 中國科學院大學華大教育中心，深圳 518083 ；2. 深圳華大基因研究院，深圳 518083）生物技術通報 BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2016, 32(12):58-64

生物技術通報影響力：雙核心期刊[（2017年中國科技核心期刊目錄）][中國科學引文數據庫來源期刊列表（2017—2018 年度）]

文章介紹

測序目的：低深度測序在檢測單細胞 CNV方面的可行性。

單細胞測序對象：經過比較基因組雜交（array CGH，aCGH）檢測的5例陽性細胞系

單細胞全基因組擴增方法：Rubicon Genomics 公司的 PicoPLEX® WGA Kit和另一種商業試劑盒。

單細胞測序深度：數據量為 0.1 X

測序結果：Rubicon 試劑盒具有較好的均勻性。

分析原因：Rubicon 試劑盒先以原始基因組為模板進行復制，經過 12 次循環后，再以擴增產物為模板進行擴增可有效降低擴增誤差，增加保真性。

原文摘要：旨在探討低深度測序在檢測單細胞染色體微小變異中的應用。以經過比較基因組雜交（array CGH，aCGH）檢測的5例陽性細胞系為研究對象，從中分離的單細胞分別用兩種單細胞擴增試劑盒進行擴增，采用Hiseq2000測序平臺進行全基因組測序，然后進行生物信息學分析，將檢測結果與已被 aCGH 證實的結果進行比較。結果顯示，5 個單細胞的全基因組擴增成功，通過低深度測序均獲得明確的檢測結果。在用 GenomePlex® Single Cell WGA Kit 試劑盒的處理中檢出區域與 aCGH 檢測區域均有 80% 以上的重疊，1 個樣本檢出了 8 Mb（Megabase）左右的假陽性 ；在用 PicoPLEX® WGA Kit 試劑盒處理時檢出信號與 aCGH 區域也有 80%以上的重疊且無假陽性信號產生。證實在數據量為 0.1 X 左右時可以檢出單細胞染色體上 7 Mb 以上的拷貝數變異。

PicoPLEX® WGA Kit單細胞全基因組擴增試劑盒介紹

PicoPLEX WGA Kit被IVF行業供應商如BlueGnome信賴并用于胚胎植入前遺傳學篩查和診斷(PGS/PGD)。

英文名稱：Rubicon PicoPLEX WGA Kit

中文名稱：Rubicon PicoPLEX單細胞全基因組擴增試劑盒

品牌：Rubicon Genomics

貨號：R30050或RB3050（TAKARA版）

用途：卵裂球和滋養外胚層細胞的植入前基因篩查（PGS）和需要單細胞擴增的循環腫瘤細胞（CTC）中的CNV檢測。

從單細胞中擴增DNA構建高重復性的文庫現在成為可能！PicoPLEX WGA kit采用技術，設計、優化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。便捷的單管操作流程減少了手動操作的失誤，縮短了獲得結果的時間并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同樣也可用于6 pg至50 pg的純化gDNA，并兼容微陣列比較基因組雜交（array CGH）分析及PCR。

PicoPLEX技術概要

PicoPLEX全基因組擴增技術具有高穩定性和可再現性，已經成為PGS的標準擴增技術。

技術要點：利用隨機引物引發線性擴增進行全基因組擴增。即先以原始基因組為模板進行復制，經過多次循環后，再以擴增產物為模板進行擴增可有效降低擴增誤差，增加保真性。

名詞解釋：

拷貝數變異（copy number variations，CNVs）：CNV 是 指 與 參 照 基 因 組 比 較，1

kb-1 Mb 的 DNA 片段的缺失、插入、重復、倒位和復雜多位點的變異。

華雅旗下紅榮微再主營醫療核酸保存文庫擴增等產品，授權代理(上海）Rubicon Genomics單細胞文庫擴增試劑。