Rubicon PicoPLEX 低深度測序法檢測單細(xì)胞CNV

參考文獻(xiàn)：

低深度測序在檢測單細(xì)胞染色體微小變異中的應(yīng)用探索

陳大洋1 甄賀富2 劉萍2 邱詠2 謝林2 劉弘泰1 陳芳2

（1. 中國科學(xué)院大學(xué)華大教育中心，深圳 518083 ；2. 深圳華大基因研究院，深圳 518083）生物技術(shù)通報(bào) BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2016, 32(12):58-64

生物技術(shù)通報(bào)影響力：雙核心期刊[（2017年中國科技核心期刊目錄）][中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫來源期刊列表（2017—2018 年度）]

文章介紹

測序目的：低深度測序在檢測單細(xì)胞 CNV方面的可行性。

單細(xì)胞測序?qū)ο螅航?jīng)過比較基因組雜交（array CGH，aCGH）檢測的5例陽性細(xì)胞系

單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增方法：Rubicon Genomics 公司的 PicoPLEX® WGA Kit和另一種商業(yè)試劑盒。

單細(xì)胞測序深度：數(shù)據(jù)量為 0.1 X

測序結(jié)果：Rubicon 試劑盒具有較好的均勻性。

分析原因：Rubicon 試劑盒先以原始基因組為模板進(jìn)行復(fù)制，經(jīng)過 12 次循環(huán)后，再以擴(kuò)增產(chǎn)物為模板進(jìn)行擴(kuò)增可有效降低擴(kuò)增誤差，增加保真性。

原文摘要：旨在探討低深度測序在檢測單細(xì)胞染色體微小變異中的應(yīng)用。以經(jīng)過比較基因組雜交（array CGH，aCGH）檢測的5例陽性細(xì)胞系為研究對象，從中分離的單細(xì)胞分別用兩種單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒進(jìn)行擴(kuò)增，采用Hiseq2000測序平臺進(jìn)行全基因組測序，然后進(jìn)行生物信息學(xué)分析，將檢測結(jié)果與已被 aCGH 證實(shí)的結(jié)果進(jìn)行比較。結(jié)果顯示，5 個(gè)單細(xì)胞的全基因組擴(kuò)增成功，通過低深度測序均獲得明確的檢測結(jié)果。在用 GenomePlex® Single Cell WGA Kit 試劑盒的處理中檢出區(qū)域與 aCGH 檢測區(qū)域均有 80% 以上的重疊，1 個(gè)樣本檢出了 8 Mb（Megabase）左右的假陽性 ；在用 PicoPLEX® WGA Kit 試劑盒處理時(shí)檢出信號與 aCGH 區(qū)域也有 80%以上的重疊且無假陽性信號產(chǎn)生。證實(shí)在數(shù)據(jù)量為 0.1 X 左右時(shí)可以檢出單細(xì)胞染色體上 7 Mb 以上的拷貝數(shù)變異。

PicoPLEX® WGA Kit單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增試劑盒介紹

PicoPLEX WGA Kit被IVF行業(yè)供應(yīng)商如BlueGnome信賴并用于胚胎植入前遺傳學(xué)篩查和診斷(PGS/PGD)。

英文名稱：Rubicon PicoPLEX WGA Kit

中文名稱：Rubicon PicoPLEX單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增試劑盒

品牌：Rubicon Genomics

貨號：R30050或RB3050（TAKARA版）

用途：卵裂球和滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞的植入前基因篩查（PGS）和需要單細(xì)胞擴(kuò)增的循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）中的CNV檢測。

從單細(xì)胞中擴(kuò)增DNA構(gòu)建高重復(fù)性的文庫現(xiàn)在成為可能！PicoPLEX WGA kit采用技術(shù)，設(shè)計(jì)、優(yōu)化用于從單細(xì)胞中擴(kuò)增單拷貝基因組DNA。便捷的單管操作流程減少了手動(dòng)操作的失誤，縮短了獲得結(jié)果的時(shí)間并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同樣也可用于6 pg至50 pg的純化gDNA，并兼容微陣列比較基因組雜交（array CGH）分析及PCR。

PicoPLEX技術(shù)概要

PicoPLEX全基因組擴(kuò)增技術(shù)具有高穩(wěn)定性和可再現(xiàn)性，已經(jīng)成為PGS的標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增技術(shù)。

技術(shù)要點(diǎn)：利用隨機(jī)引物引發(fā)線性擴(kuò)增進(jìn)行全基因組擴(kuò)增。即先以原始基因組為模板進(jìn)行復(fù)制，經(jīng)過多次循環(huán)后，再以擴(kuò)增產(chǎn)物為模板進(jìn)行擴(kuò)增可有效降低擴(kuò)增誤差，增加保真性。

名詞解釋：

拷貝數(shù)變異（copy number variations，CNVs）：CNV 是 指 與 參 照 基 因 組 比 較，1

kb-1 Mb 的 DNA 片段的缺失、插入、重復(fù)、倒位和復(fù)雜多位點(diǎn)的變異。

華雅旗下紅榮微再主營醫(yī)療核酸保存文庫擴(kuò)增等產(chǎn)品，授權(quán)代理(上海）Rubicon Genomics單細(xì)胞文庫擴(kuò)增試劑。