單細胞全基因組擴增WGA技術PicoPLEX與MALBAC比較

關鍵詞：單細胞全基因組擴增技術WGA，PicoPLEX 特殊隨機引物起始的熱循環擴增，MALBAC Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles （多次退火環狀循環擴增技術）

PicoPLEX與MALBAC的區別

申請情況

Rubicon : US8206913 Filed Date : Mar 3, 2010

MALBAC : WO2012/166425 International filing date : 22 May, 2012

主要區別

（1）MALBAC的細胞裂解時間更長。

MALBAC：30 min

PicoPLEX：15 min

（2）引物設計不同，PicoPLEX的結果更準確、重復性更高，更適合用于染色體異倍性分析和拷貝數變異分析。

MALBAC和PicoPLEX技術介紹

MALBAC 多次退火環狀循環擴增技術

PicoPLEX 特殊隨機引物起始的熱循環擴增+PCR

MALBAC：Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles （多次退火環狀循環擴增技術）是一種擬線性全基因組擴增方法。與傳統的非線性或指數型DNA擴增方法不同（在每個循環中，復制的DNA可以作為后續循環的模板），MALBAC利用特殊的引物使擴增子具有互補末端并因此循環，防止DNA被指數復制。這導致僅擴增原始基因組DNA，并因此降低擴增偏倚。

PicoPLEX單細胞全基因組擴增WGA技術是一種特殊隨機引物起始的熱循環擴增+PCR的全基因組擴增方法。PicoPLEX相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎的單細胞全基因組擴增技術，操作簡單快速。PicoPLEX全基因組擴增技術具有高穩定性和可再現性，已經成為PGS的標準擴增技術。這一技術也適用任何單細胞樣品和皮克級純化DNA的基因特征分析。

PicoPLEX 技術流程：

包括文庫構建和文庫擴增兩個步驟。文庫構建（預擴增）階段，設計的特殊引物能消除引物之間的雜交，從而提高引物和模板的配對效率。利用特殊隨機引物（Quasi-random primer）引發線性擴增進行全基因組擴增。特別設計的隨機引物（參見US patent 8,206,913）能減少引物二聚體的形成，從而提高引物和模板的配對效率。

分兩次擴增。*次擴增，特殊隨機引物與基因組DNA結合，形成莖環形結構文庫，第二次擴增，只有莖環形結構的文庫被擴增。

PicoPLEX產品引用文獻

PicoPLEX™ WGA Kit

PicoPLEX WGA kit采用PicoPLEX技術，設計、優化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。

1. Implantation potential of mosaic embryos

2. Lledo et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine

3.Vasculogenic mimicry in small cell lung cancer

4.Williamson et al. 2016 Nature Communications

5.Mouse model of chromosome mosaicism reveals lineage-specific depletion of aneuploid cells and normal developmental potential

6. Bolton et al. 2015 Nature Communications

7.Validation of copy number variation sequencing for detecting chromosome imbalances in human preimplantation embryos

8.Wang et al. Biol Reprod. 2014 Jun 25. pii: biolreprod.114.120576. DOI:10.1095/biolreprod.114.120576.

PicoPLEX™ DNA-seq Kit

1.New protocol based on massive parallel sequencing for aneuploidy screening of preimplantation human embryos

2.Vendrell et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine, DOI: 10.1080/19396368.2017.1312633

3.Construction of thousands of single cell genome sequencing libraries using combinatorial indexing

4.Vitak et al. bioRxiv Jul. 23, 2016; doi: http://dx.doi.org/10.1101/065482.

5.A linkage map for the Newt Notophthalmus viridescens: Insights in vertebrate genome and chromosome evolution

6. Keinath et al. 2014 Developmental Biology