單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增WGA技術(shù)PicoPLEX與MALBAC比較

關(guān)鍵詞：?jiǎn)渭?xì)胞全基因組擴(kuò)增技術(shù)WGA，PicoPLEX 特殊隨機(jī)引物起始的熱循環(huán)擴(kuò)增，MALBAC Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles （多次退火環(huán)狀循環(huán)擴(kuò)增技術(shù)）

PicoPLEX與MALBAC的區(qū)別

申請(qǐng)情況

Rubicon : US8206913 Filed Date : Mar 3, 2010

MALBAC : WO2012/166425 International filing date : 22 May, 2012

主要區(qū)別

（1）MALBAC的細(xì)胞裂解時(shí)間更長(zhǎng)。

MALBAC：30 min

PicoPLEX：15 min

（2）引物設(shè)計(jì)不同，PicoPLEX的結(jié)果更準(zhǔn)確、重復(fù)性更高，更適合用于染色體異倍性分析和拷貝數(shù)變異分析。

MALBAC和PicoPLEX技術(shù)介紹

MALBAC 多次退火環(huán)狀循環(huán)擴(kuò)增技術(shù)

PicoPLEX 特殊隨機(jī)引物起始的熱循環(huán)擴(kuò)增+PCR

MALBAC：Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles （多次退火環(huán)狀循環(huán)擴(kuò)增技術(shù)）是一種擬線性全基因組擴(kuò)增方法。與傳統(tǒng)的非線性或指數(shù)型DNA擴(kuò)增方法不同（在每個(gè)循環(huán)中，復(fù)制的DNA可以作為后續(xù)循環(huán)的模板），MALBAC利用特殊的引物使擴(kuò)增子具有互補(bǔ)末端并因此循環(huán)，防止DNA被指數(shù)復(fù)制。這導(dǎo)致僅擴(kuò)增原始基因組DNA，并因此降低擴(kuò)增偏倚。

PicoPLEX單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增WGA技術(shù)是一種特殊隨機(jī)引物起始的熱循環(huán)擴(kuò)增+PCR的全基因組擴(kuò)增方法。PicoPLEX相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎(chǔ)的單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增技術(shù)，操作簡(jiǎn)單快速。PicoPLEX全基因組擴(kuò)增技術(shù)具有高穩(wěn)定性和可再現(xiàn)性，已經(jīng)成為PGS的標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增技術(shù)。這一技術(shù)也適用任何單細(xì)胞樣品和皮克級(jí)純化DNA的基因特征分析。

PicoPLEX 技術(shù)流程：

包括文庫(kù)構(gòu)建和文庫(kù)擴(kuò)增兩個(gè)步驟。文庫(kù)構(gòu)建（預(yù)擴(kuò)增）階段，設(shè)計(jì)的特殊引物能消除引物之間的雜交，從而提高引物和模板的配對(duì)效率。利用特殊隨機(jī)引物（Quasi-random primer）引發(fā)線性擴(kuò)增進(jìn)行全基因組擴(kuò)增。特別設(shè)計(jì)的隨機(jī)引物（參見US patent 8,206,913）能減少引物二聚體的形成，從而提高引物和模板的配對(duì)效率。

分兩次擴(kuò)增。*次擴(kuò)增，特殊隨機(jī)引物與基因組DNA結(jié)合，形成莖環(huán)形結(jié)構(gòu)文庫(kù)，第二次擴(kuò)增，只有莖環(huán)形結(jié)構(gòu)的文庫(kù)被擴(kuò)增。

PicoPLEX產(chǎn)品引用文獻(xiàn)

PicoPLEX™ WGA Kit

PicoPLEX WGA kit采用PicoPLEX技術(shù)，設(shè)計(jì)、優(yōu)化用于從單細(xì)胞中擴(kuò)增單拷貝基因組DNA。

1. Implantation potential of mosaic embryos

2. Lledo et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine

3.Vasculogenic mimicry in small cell lung cancer

4.Williamson et al. 2016 Nature Communications

5.Mouse model of chromosome mosaicism reveals lineage-specific depletion of aneuploid cells and normal developmental potential

6. Bolton et al. 2015 Nature Communications

7.Validation of copy number variation sequencing for detecting chromosome imbalances in human preimplantation embryos

8.Wang et al. Biol Reprod. 2014 Jun 25. pii: biolreprod.114.120576. DOI:10.1095/biolreprod.114.120576.

PicoPLEX™ DNA-seq Kit

1.New protocol based on massive parallel sequencing for aneuploidy screening of preimplantation human embryos

2.Vendrell et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine, DOI: 10.1080/19396368.2017.1312633

3.Construction of thousands of single cell genome sequencing libraries using combinatorial indexing

4.Vitak et al. bioRxiv Jul. 23, 2016; doi: http://dx.doi.org/10.1101/065482.

5.A linkage map for the Newt Notophthalmus viridescens: Insights in vertebrate genome and chromosome evolution

6. Keinath et al. 2014 Developmental Biology