液體活檢：血漿基因（DNA）保存、純化、文庫構建和測序

液體活檢是指非固體生物組織的取樣和檢測，來源一般是血液和尿液，對象包括血漿游離DNA/RNA、血液循環腫瘤細胞和外泌體。與傳統的固體活檢相比，液體活檢技術可以無創取樣，并且能跟蹤檢測基因和生物標志物。目前這種無創技術應用于癌癥治療和產前篩查等。

液體活檢：無創產前檢測（NIPT）

NIPT發展

NIPT應用

NIPT檢測內容

NIPT技術

NIPT發展

NIPT發展迅速，而且它還不是標準醫療項目，只是一個選擇項目。

NIPT發展快速得異常，消費者在推進。可能原因：同步社交媒體發展，討論較多。

NIPT應用

NIPT在實際運用中要解決的問題：

市場壓力

專業指南的快速變化。高風險孕婦和一般孕婦做咨詢用的時間都不一樣。那么獲得的信息也不同。孕婦查出有問題不一定要終止妊娠，還可以多做應對準備。而且做繼續懷孕決定的比例達到了40%。

NIPS在產前檢測中的準確定位。一開始定位是高危產婦，之后不是高危產婦也對NIPT有興趣。中等風險妊娠群體的NIPT檢測，還會再上升。

NIPT的檢測

NIPT的檢測還不是準確。

低風險用戶越多，PPV值越低。

生物學原因導致的母體的miccroduplications也會影響檢測結果。

NIPT和標準產前檢測項目的比較

標準產前檢測項目：血清生化檢測和nuchal translucency超聲波檢查。

NIPT在在某些檢測方面的錯誤率格外低，比如cfDNA陽性預測方面比標準項目做得好。

NIPT的可選項目:性染色體

常規染色體非整倍體異常項目：21- 三 體 綜 合 征（trisomy 21，T21）、18-三體綜合征（trisomy 18，T18）和 13-三體綜合征（trisomy 13，T13）。

檢測可選項目：性染色體等。NIPT能比超聲波更早知道是否有性別染色體異常。

NIPT技術

美國NIPS的四個公司：4種技術。檢測錯誤率差別較大。

Illumina：WGS 全基因組測序

Sequenom：WGS 全基因組測序

Ariosa Diagnostics：targeted approach on a microarray 微陣列靶向方法

Natera：targeted sequencing for SNP 靶向測序檢測單基因

液體活檢：腫瘤CTC和ctDNA

原發腫瘤（乳房、結腸、肺、前列腺癌）在形成生長早期，會釋放細胞進入血液循環。通過各種技術可以富集檢測這些循環腫瘤細胞的物理和生物性質。

循環腫瘤細胞，Circulating Tumor cell，簡稱CTC。CTC釋放點：原發腫瘤和轉移腫瘤。

CTC死亡后還會釋放出循環腫瘤DNA，Circulating Tumor DNA，簡稱ctDNA。

CTCs和ctDNA的分析是液體活檢診斷的基石。

CTC和ctDNA的臨床應用

腫瘤檢測 CTCs和ctDNA應用腫瘤的早期檢測很受關注，面臨的挑戰是目前分析的特定性和敏感度。

預后評估 多種腫瘤已經實現預后評估，尤其是乳癌。

指導系統治療

病人亞群分類（stratification）。

CTC研究進展

CTC研究是很活躍的領域，截止2015年12月發表在PubMed的文獻有17000篇。隨著循環游離腫瘤DNA分析的發展，zui近才開始使用“液體活檢”這個條目。分子水平的靈敏分析方便研究者從血漿中篩選特定腫瘤突變的ctDNA，因此ctDNA和CTC成為富有競爭力的生物標志物。

液體活檢血漿DNA保存、純化、文庫構建和測序產品（高通量測序法）

血液標本采集、運輸、保存

血漿游離DNA提取純化

血漿游離DNA基因文庫構建

文庫產物純化

基因測序

外周血游離DNA標本采集、運輸、保存

外周血血漿游離DNA采集：EDTA 抗凝管或者 Streck Cell-Free DNA BCT 管

Streck Cell-Free DNA BCT® 血漿游離DNA采血管

產品英文名稱：Streck Cell-Free DNA BCT® BLOOD COLLECTION TUBE

產品中文名稱：Streck BCT® 血漿游離DNA采血管

Streck 血漿游離DNA采血管是一種直接提取的全血收集管，用于收集、運輸和儲存血液樣本。Streck 血漿游離DNA采血管內含防腐劑，它能穩定有核血細胞，防止細胞基因組DNA的釋放，保護血漿游離循環DNA和循環腫瘤細胞（CTC）。

230253是218962的升級版，是Streck公司新推將玻璃和塑料的*性能融合在一起的Fusion2^TM混合塑料管。

EDTA抗凝管參見BD真空采血管分類 血清 血漿 單個核細胞 RNA 肝素 EDTA

血漿游離DNA提取純化

磁珠法或離心柱法

離心柱法產品：

QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit 循環核酸純化試劑盒

貨號： 55114 品牌：Qiagen

QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (50)

For 50 preps: QIAamp Mini Columns, Tube Extenders (20 ml), QIAGEN Proteinase K, Carrier RNA, Buffers, VacConnectors, and Collection Tubes (1.5 ml and 2 ml)

樣品處理量：5mL

洗脫體積：20-150μL

可以洗去PCR抑制物，如：二價陽離子和蛋白

血漿游離DNA文庫構建

ThruPLEX® Plasma-seq Kit血漿游離DNA文庫構建試劑

ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技術，并用于血漿來源cfDNA高品質NGS文庫構建。該試劑專門針對cfDNA進行優化，在保持樣本GC代表性的基礎上，提升了文庫的信息容量。文庫構建后可用于CNV分析、全基因組測序分析或是采用一些panel針對目標區域進行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。

血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫，能有更好的靈敏度、更準確的基因變異分析結果。與其它液態活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得、價值高的特點，深受研究腫瘤學或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。

文庫產物純化

Agencourt AMPure XP 核酸純化試劑盒

Agencourt AMPure XP核酸純化試劑盒是一種能夠獲得高質量DNA產物的純化試劑盒，純化后的核酸純度高，無鹽離子殘留，無需離心或過濾，目前廣泛應用于NGS文庫構建。該試劑的應用為產物純化，如：NGS文庫構建過程中酶聯體系的純化、PCR產物純化等。既可以手工操作，也可以使用自動化工作平臺以96孔或384孔板的形式完成。

基因測序

illumina 基因測序試劑盒

參考文獻

1.吳一龍，等. 液體活檢:規范與同行.循證醫學，2016年04期，P193-197.

2.Clinical Applications of Circulating Tumor Cells and Circulating Tumor DNA as Liquid Biopsy,

Catherine Alix-Panabières,Cancer Discov;6(5); 479–91. ©2016 AACR Published OnlineFirst March 11, 2016; DOI: 10.1158/2159-8290.CD-15-1483.

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